González Pecotche nació en Buenos Aires (República Argentina), hijo de Jorge Nazareno González Castrín y María Pecotche Amorena de González. Siendo muy niño, a los cinco años, Carlos Bernardo queda huérfano de madre al morir ésta en Saint-Etienne-de-Baïgorry (en el sur de Francia), su ciudad de origen, adonde viajó desde Buenos Aires en 1906, aquejada de una grave dolencia.
El 8 de octubre de 1924 se casó con Paulina Eugenia Puntel (Buenos Aires, 4/4/1899 – Buenos Aires, 5/9/1998). En 1925 tuvieron su único hijo, Carlos Federico González (Buenos Aires, 10/07/1925 – Buenos Aires, 25/6/1964), año en que se mudaron a Córdoba (Argentina).
El 11 de agosto de 1930, González Pecotche inauguró formalmente en Córdoba la primera sede de su escuela de pensamiento que luego se convertiría en la Fundación Logosófica.
A fines de 1931 se mudó con su familia a Rosario. Entre 1931 y 1939 publicó la revista Aquarius y escribió un periódico, El Heraldo Raumsólico (entre 1935 y 1938). Impulsó la creación de centros de estudios logosóficos en Rosario (1930), Montevideo (Uruguay) (1932), Buenos Aires (1933) y varias ciudades de Brasil, como Belo Horizonte (1935), Río de Janeiro (1939), Juiz de Fora y São Paulo. En 1939, trasladó definitivamente su residencia a Buenos Aires. Entre 1941 y 1947 publicó la revista mensual Logosofía. En 1960 propició la realización en Montevideo del primer Congreso Internacional de Logosofía. En 1963, encomendó a una delegación de uruguayos la fundación del Centro de Estudios Logosóficos de México.
En 1962 creó en Montevideo la primera escuela primaria donde se impartió la educación pública oficial y se aplicó la pedagogía logosófica. En 1963 creó la segunda escuela primaria en Belo Horizonte (Brasil). Actualmente (2010) hay 10 escuelas, de enseñanza primaria y secundaria, en todo el mundo que forman parte del Sistema Logosófico de Educación.
González Pecotche dirigió todas las sedes de la Fundación Logosófica en el mundo y dictó más de un millar de clases y conferencias, publicó más de una veintena de libros en varios géneros editados por la Editorial Logosófica bajo su dirección, manteniendo a su vez una copiosa tarea epistolar mientras atendía sus obligaciones familiares, sociales y laborales personales.
Falleció en Buenos Aires, el 4 de abril de 1963, a los 61 años de edad. Persisten hoy todas las sedes de la escuela de pensamiento fundadas por González Pecotche y constituidas por él en fundaciones sin fines de lucro.