Descendiente de alemanes, realizó sus estudios en Historia, entre 1952 y 1956, en la Universidad de Hamburgo y, de vuelta en la Argentina, se dedicó a la investigación, al periodismo y a la escritura de guiones cinematográficos.
Afincado desde pequeño en el barrio porteño de Belgrano, se destacó como periodista por sus investigaciones históricas. En 1970 apareció Severino Di Giovanni, el idealista de la violencia, al que siguió su investigación en cuatro tomos sobre los fusilamientos de obreros en Santa Cruz en 1921.La Patagonia rebelde también llegó al cine de la mano de Héctor Olivera en 1974 y se alzó con el Oso de Plata en el Festival de Berlín. Bayer partió al exilio a Alemania Federal, donde apareció el cuarto volumen de su trabajo. Regresó en 1983 y alternó su residencia con Alemania. La llegada de la democracia permitió que volvieran a circular sus trabajos, como Los anarquistas expropiadores. Colaboró con PáginaI12 desde su creación. Publicó además Exilio, junto a Juan Gelman; Fútbol argentino; Rebeldía y esperanza; y la novela Rainer y Minou. Murió en la Navidad de 2018.