Sus primeros libros fueron impresos y distribuidos por el mismo Ortiz entre amigos o lectores conocidos, por lo que su obra tuvo poca difusión, y no fue hasta 1933 que se editó su primer poemario en Buenos Aires, El agua y la noche, con poemas escritos entre 1924 y 1932, y otro tanto ocurrió con el segundo, El alba sube…, publicado cuatro años después. En los años siguientes la publicación de sus libros fue mejor organizada, lo que permitió que tuviera una mayor difusión: La rama hacia el este (1940), El álamo y el viento (1947), El aire conmovido (1949), La mano infinita (1951), La brisa profunda (1954) El alma y las colinas (1956), De las raíces y del cielo (1958). Juanele, como comenzó a llamárselo en los círculos literarios de la capital, fumaba en largas boquillas de caña y publicaba sus poemas, de versos extensos, en libros de tipografía minúscula, cuidando hasta el extremo todos los aspectos de la edición, característica que tiende a ser respetada en las ediciones actuales. Su reputación de poeta de culto llegó hasta la vecina Provincia de Santa Fe, donde, entre otros, se encontraba el escritor Juan José Saer, quien lo visitaba frecuentemente junto con otros admiradores.
En 1957 realiza su único viaje al exterior, invitado por el gobierno chino, como parte de una comisión de intelectuales argentinos que recorrió China y la Unión Soviética.
Después de más de diez años sin publicar, en 1971 la Biblioteca Vigil de Rosario reúne su poesía completa en tres volúmenes con el título Bajo el aura del sauce, que incluye además El junco y la corriente, La orilla que se abisma y El Gualeguay, hasta entonces inéditos. Este último, su poema más extenso (2639 versos), es a la vez una narración del paisaje y de los sucesos históricos y económicos que se produjeron en las riberas de uno de los ríos de la provincia. En 2006 fue editado en un volumen propio por la editorial Beatriz Viterbo, en una edición al cuidado de Sergio Delgado, quien también preparó una edición de las Obras completas de Ortiz en 1996 publicada por la Universidad del Litoral, con textos de Daniel García Helder y Martín Prieto.
Falleció el 2 de septiembre de 1978 en la ciudad de Paraná, a los 82 años de edad. La tensión de su obra entre la comunión con el paisaje y el conflicto social fue magníficamente descrita por el propio autor en estos versos:
Pero cuidado, mis amigos, con envolveros en la seda de la poesía
igual que en un capullo…
No olvidéis que la poesía,
si la pura sensitiva o la ineludible sensitiva,
es asimismo, o acaso sobre todo, la intemperie sin fin,
cruzada o crucificada, si queréis, por los llamados sin fin
y tendida humildemente, humildemente, para el invento del amor…
Se destacó asimismo como traductor de poetas como Paul Eluard, Giuseppe Ungaretti, Ezra Pound y algunos poetas chinos.
La leyenda de su figura alta, flaca, concentrada en la observación del paisaje fluvial, trascendió más que su extensa obra, de una «espléndida monotonía», en la que identifica su espíritu con el paisaje que lo rodeó durante toda su vida.
Aunque se consideraba socialista y llegó a integrar un comité de solidaridad con la República durante la guerra civil que dividió a España en los años 30, se mantuvo apartado de los grandes movimientos políticos y sociales de Buenos Aires, lo cual no quiere decir que haya dejado de lado la conciencia social. Los simbolistas franceses y la poesía oriental influyeron en su obra, caracterizada por la delicadeza y la disposición contemplativa, que alude siempre al río, los árboles, las inundaciones, los cambios climáticos, sin eludir la historia social de su provincia natal (sede de importantes frigoríficos desde comienzos del siglo XX), mostrando siempre una especial sensibilidad por el drama de la pobreza y, en particular, por los niños que la sufren en su inocencia.