Condena a reclusión perpetua a Jorge Rafael Videla y Emilio Massera, al tiempo que impone 17 años de cárcel para Roberto Viola, ocho para Armando Lambruschini y cuatro para Orlando Agosti. Los jueces absuelven a Leopoldo Galtieri, Jorge Anaya, Basilio Lami Dozo y Omar Graffigna. Se optó por condenar en base a los crímenes comprobados a cada junta y no por arma, lo cual permitió la condena leve de Agosti y las demás absoluciones. El fallo coloca a la Argentina a la vanguardia de los derechos humanos en el mundo. Sin embargo, crea problemas al gobierno de Raúl Alfonsín: al establecer la existencia del plan criminal niega la existencia de excesos, como planteara el líder radical en campaña. El punto 30 ordena juzgar hacia abajo a los oficiales que ejecutaron la represión clandestina y abre el debate sobre el cumplimiento de las órdenes. Comienzan a discutirse los alcances de la obediencia debida.
