Fue un pianista, compositor y funcionario público argentino del siglo XIX. Fue autor de la música de composiciones populares como El pescador de Palermo y La diamela. Su arreglo del Himno Nacional Argentino es el que ha sido oficializado.
Juan Pedro Esnaola inició sus estudios musicales de pequeño junto al presbítero José Antonio Picasarri, director musical de la Catedral de Buenos Aires y además tío de Esnaola. Las ideas férreamente monárquicas del tío, llevaron a ambos a emigrar a Europa entre 1818 y 1822.
Como creador, su prolífera labor estuvo destinada a la música litúrgica, los conjuntos orquestales, canciones de cámara y las piezas de salón. Su principal mérito radicó en que, sin escapar de la influencia de Rossini, imprimió en sus partituras características locales que constituyen un verdadero antecedente del nacionalismo y romanticismo musical argentino.
El ambiente musical de Argentina en la época de Esnaola permitía dos posibles actividades: el apoyo de la liturgia en la iglesia (música sacra) o la tertulia, música de salón y esparcimiento.
Esta última respondía a los más estrictos dictados de la moda de la época, y se centraba en la danza , aunque también era costumbre escuchar intermedios y fragmentos instrumentales. Las Polcas, Valses y Mazurkas de Esnaola fueron de las más populares en Buenos Aires durante la segunda mitad del Siglo XIX.
Entre 1847 y 1849, Esnaola hizo una primera versión del Himno Nacional Argentino –cuya música original se había extraviado– sobre la base de lo que había escuchado en su juventud. Esta versión está hoy depositada en el Museo Histórico Nacional, en Buenos Aires, y formaba parte del álbum de música de su discípula Manuelita Rosas.
En 1860 efectúa una revisión que es declarada versión oficial por el gobierno argentino en 1928.