El 18 de julio de 1994 se produjo el atentado a la AMIA.

considerado como el peor acto terrorista ocurrido en suelo argentino.El atentado a la AMIA fue un ataque terrorista con coche bomba.

Se trató del mayor atentado terrorista ocurrido en la Argentina, con un saldo de 85 personas asesinadas y 300 heridas. ​Fue también el mayor ataque contra objetivos judíos ubicados fuera de Israel desde la Segunda Guerra Mundial.​ La comunidad judeoargentina con casi 300 000 personas, de las cuales más del 80% vive en la Ciudad de Buenos Aires, es la sexta mayor del mundo.​

En 2006, durante la presidencia de Néstor Kirchner y después de doce años de investigación, el fiscal especial a cargo de la investigación basado en informes de los servicios de inteligencia argentino, estadounidense e israelí, acusó formalmente, al gobierno de Irán de aquel entonces, de planificar el atentado y al partido Hezbolá del Líbano, de ejecutarlo.​ Dando crédito a la llamada pista iraní, consideró que el atentado fue resuelto en una reunión de los máximos integrantes del gobierno de Irán y fue llevada a cabo por la organización terrorista libanesa Hezbolá, que respondía al gobierno iraní.  Irán, por su parte negó estar relacionado con el atentado.​ La justicia argentina imputó a ocho funcionarios iraníes y un ciudadano libanés de ser los autores,​ contra los que ordenó alertas rojas de captura de la Interpol que fueron aprobadas.​ Según la investigación, Argentina fue elegida como blanco del ataque tras la decisión del gobierno argentino de suspender un acuerdo de transferencia de tecnología nuclear a Irán. En septiembre de 2003, uno de los imputados, el exembajador iraní en la Argentina, Hadi Soleimanpour, fue detenido en Gran Bretaña, acusado de ser partícipe necesario, pero la justicia británica rechazó su extradición y fue liberado.​

Durante los primeros años de investigación, la justicia argentina con apoyo de funcionarios del gobierno de Carlos Menem, encubrió el atentado armando una causa para imputar falsamente a expolicías de la provincia de Buenos Aires (que permanecieron casi una década presos) y llevarlos a juicio.​ El llamado «primer juicio» se inició en 2001 contra 22 acusados de ser la conexión local y haber facilitado la camioneta con explosivos. Durante el mismo (2001-2004) los presidentes Eduardo Duhalde y Néstor Kirchner eximieron a los agentes de inteligencia de su deber de guardar el secreto de las operaciones al momento de declarar como testigos, dejando al descubierto un amplio encubrimiento en el que habían participado el juez de la causa, dos de los tres fiscales, altos funcionarios del gobierno de Menem y los servicios de inteligencia. El 2 de septiembre de 2004 el tribunal dictó sentencia absolviendo a todos los acusados y ordenando su liberación.​ Como consecuencia del fallo fueron destituidos el juez de la causa Amia, Juan José Galeano, y dos de los tres fiscales, José Barbaccia y Eamon Mullen, por las supuestas irregularidades cometidas en la investigación, especialmente el pago ilegal de 400 mil dólares a Carlos Telleldin, presunto facilitador de la camioneta utilizada como coche bomba.​

En 2004 el presidente Néstor Kirchner creó una fiscalía especial para el caso AMIA, conocida como UFI-AMIA, y designó para dirigir la misma al fiscal Alberto Nisman, el único de los tres fiscales no comprometido en el encubrimiento. En 2006 el fiscal Nisman, luego de reexaminar toda la causa y cruzar cerca de 300 millones de llamados telefónicos, aseguró tener nuevas pruebas​ Entonces el nuevo juez de la causa por el atentado, Rodolfo Canicoba Corral, quien reemplazaba al juez Galeano, volvió a ordenar la captura de los siete exfuncionarios iraníes y un miembro operativo libanés del Hezbolá acusados por la fiscalía.​

Desde entonces, los distintos gobiernos argentinos han requerido a Irán, sin éxito, la extradición de sus ciudadanos acusados por el ataque para ser juzgados por un tribunal argentino o extranjero.​

En 2005 los fiscales Nisman y Marcelo Martínez Burgos informaron que el conductor suicida había podido ser identificado como Ibrahim Hussein Berro, pero doce años después el FBI realizó el análisis del ADN perteneciente al terrorista muerto en la AMIA y estableció que no pertenecía a Berro. Ese mismo año él juez Claudio Bonadío fue removido como titular de la causa AMIA por «falta de imparcialidad».​

En 2013, el Congreso argentino ratificó un Memorándum de entendimiento Argentina-Irán, firmado por el gobierno argentino con el supuesto fin de destrabar la causa estableciendo un mecanismo para tomar declaración indagatoria a los iraníes acusados en su país. Sin embargo, en enero de 2015, el fiscal Nisman, presentó una denuncia contra la expresidenta Cristina Fernández de Kirchner, el excanciller Héctor Timerman y otros funcionarios, considerando que el Memorándum constituía parte de un plan delictivo orientado a encubrir a los iraníes acusados en la causa. En marzo de 2018 se elevó a juicio la causa,​ y la iniciación del mismo depende de la declaración previa del exjefe de la Interpol, Ronald Noble, solicitada por la defensa y prevista para el primer semestre de 2020.​

El lunes 18 de enero de 2015, horas antes de tener que presentarse ante el Congreso para informar sobre la denuncia presentada el miércoles anterior, y poco antes de iniciarse el juicio por encubrimiento (AMIA 2), Nisman fue encontrado muerto de un disparo en la cabeza en su departamento de Buenos Aires. La muerte de Nisman, cuya investigación aún no había concluido seis años después, al iniciarse 2021, ha estado en el centro de una fuerte disputa política, incluso entre las víctimas del atentado.​

Pocos meses después de la muerte de Nisman se inició el segundo juicio de la AMIA, preparado por Nisman, en el que el principal acusado era el expresidente Menem. El juicio tuvo escasa cobertura de la prensa. El 28 de febrero de 2019 se dictó sentencia siendo condenados por encubrimiento y corrupción el exjuez de la causa, Juan Carlos Galeano, el exjefe de los servicios de inteligencia Hugo Anzorreguy, el reducidor de autos Carlos Telleldin y otros funcionarios del Estado argentino. El expresidente Menem y el expresidente de la DAIA, Rubén Beraja, fueron absueltos. Los exfiscales fueron condenados por incumplimiento de los deberes de funcionario público, resultando absueltos de todos los cargos formulados por Nisman al elevar la causa. El fallo fue apelado.

En marzo de 2017 el jefe de la Unidad AMIA del Poder Ejecutivo, Mario Cimadevilla, denunció por corrupción y encubrimiento a su superior, el ministro de Justicia Germán Garavano, bajo la presidencia de Mauricio Macri.​

En mayo de 2019 comenzó el tercer juicio, nuevamente contra Carlos Telleldín, acusado de ser partícipe necesario del atentado, por haber acondicionado y entregado al autor o autores directos del atentado, la camioneta Traffic que fue utilizada como coche bomba,​ que terminó el 23 de diciembre de 2020, con la absolución de culpa y cargo.​

El 19 de julio de 2019, la Oficina del Tesoro de Estados Unidos anunció que una persona llamada Salman Raouf Salman, perteneciente a la organización libanesa Hezbolá había sido el coordinador del atentado a la AMIA en 1994 y ofreció una recompensa de siete millones de dólares por información que permitiera detenerlo. El gobierno de Irán le ofreció una sepultura en el cementerio de los mártires a Imad Mugniyah, unos de los sospechosos con pedido de captura, publicó un sello postal en su memoria y le dio su nombre a una calle en Teherán

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